Wikia


Je krijgt eerst 1 uur om de oefeningen op de computer uit te voeren. Iedereen heeft andere oefeningen, want je 1trekt een verschillende USB net voor het examen. Het praktisch examen is volledig open boek en je mag uw cursus meenemen en toledo gebruiken. Na het indienen van u praktisch deel, krijg je het schriftelijke, theoretisch examen.

18/06/2018 Edit

1) PAM matrices, geef afleiding (12p)

2) trekvraag: contactmap (5pn)

3), 4), 5) = hetzelfde examen als 12/06/17

11/06/2018 Edit

1) Dynamic programming --> geef manier van global en local alignment

2) Trek vraag: dot plot (anderen hadden: Ramachandran, molecular clock theory ...)

3) Leg alle kolommen PDB uit + is dit door x-ray structuur of NMR structuur bekomen? + teken tripeptide

4) a) Blosum 90 is hetzelfde als PAM250, b) term hydrogen bonds is al in Van der Waals opgenomen, c) ...

5) Ik wil genoom virus met verschillende leesramen testen --> zijn er homologe proteïnen? Met welke methode ga je dit na (wees specifiek) en waarom?

19/06/2017 Edit

1) homollogy modelling

2) vraag trekken: gecorreleeerde evolutie

3) leg ramachandran en rotameer plot uit. Teken SYT en duid de relevante hoeken voor Y aan

4) a. Blosum250 vr sterk gerelateerde pro. B. TBlastX gebruik je best als je een pro seq. hebt en een stuk niet coderend DNA C. ...

5) welke manieren zijn er om een roothed tree te maken. Hoe doe je dat automatisch

12/06/2017 Edit

--> Vanaf dit jaar prof. A. Voet

1) PAM matrix, wat is het, waar voor wordt het gebruikt, hoe wordt het opgesteld? --> mondeling, bijvraag: welke twee aminozuren muteren heel weinig?

2) Afbeelding van entropy LOGO, bespreek de figuur --> trekvraag bij de prof

3) Bespreek het gegeven stuk van een PDB file: wat staat er in elke kolom, teken residu nummer x en duid de psi, phi, omega, chi1 en chi2 hoeken aan, waarvoor worden de psi en phi hoeken gebruikt?

4) Juist of fout, motiveer. A) Bij een aligment met NJ of UPGMA wordt er standaard gebruik gemaakt van de sequentie similariteit. B) Bij elk FF moet de term met de waterstof binding krachten er bij staan. C) Je krijgt altijd maar 1 oplossing als je een aligment doet met het Needleman-Wunsh en Waterman-Smids algorithme.

5) Ik heb een nieuw genoom sequentie van het virus waarop ik onderzoek doe. Nu wil ik weten of er virussen zijn die de zelfde informatie dragen. Welk programma (specifiek) kan ik best gebruiken? Motiveer je antwoord.

06/06/2016 VM Edit

1) (mondeling)Het berekenen van een krachtveld kan veel pc-tijd innemen omwille van de vele interacties die moeten worden beschouwd, welke termen in de vgl van het ff hangen het meest af van het aantal atomen (en hoe?) hoe wordt de pc tijd onder controle gehouden.

2) je krijgt van een collega een model, hoe evalueer je de kwaliteit?

3) Wat is het meest belangrijke gegeven dat je nodig hebt wanneer je een katalytisch centrum wil inbouwen door gerichte mutaties? 

4) Is de DEE methode een minimisatiemethode of niet? Waarom wel/niet?

5) Bespreek de wiskundige vergelijking die de interactie van de waterstofbruggen weergeeft. 

6) Wat is het essentiële verschil tussen de steepest descent minimisatie en de conjugated gradient minimisatie. 

7) Wat is het verschil tussen een Force Field en een Scoringsfunctie?

extra) tijdens mondeling krijgt ge nog een papier met drie AZ op (lange naam). Ge moet de 1lettercode en 3 lettercode geven en het peptide tekenen. Daarna hoe ge één van de AZ getekend hebt (cis of trans -> kijken naar omega hoek)