Wikia


24 januari 2018 Edit

  1. Bespreek het pET en pBAD expressie systeem en vergelijk. Wat is belangrijk in een expressie systeem?
  2. Met welke factoren kun je de nauwkeurigheid van een PCR-reactie verbeteren en geef afgeleide technieken met een hogere nauwkeurigheid
  3. Cosmideklonering uitleggen voor het aanleggen van banken random DNA. + formules van Clark (N = ln(1-P)/ln(1-F) ) en geef hiervan de voorwaarden.
  4. CAPture techniek, Taqman probe en wat is aanwezig in een episomale(?) vector
  5. Vraag Paeshuyse:
  • Welke eukaryoot expressies systeem (geen schimmel of gist) zou jij gebruiken (voor dit humaan recombinant eiwit)? Beargumenteer.
  • Teken de vector enzo.. (?)
  • Een promotor ontwerpen inclusief staarten etc.

1 September 2017 Edit

  1. Met welke factoren kun je de nauwkeurigheid van een PCR-reactie verbeteren en geef PCR afgeleide technieken voor nucleïnezuren.
  2. Bespreek in detail en vergelijk het mechanisme van P1 en cosmide vectoren.
  3. Bespreek de werking en schets het principe van PET-expressie systeem. Wat zijn de voor- en nadelen?
  4. Kort omschrijven
    • Definieer en bespreek CAPture techniek werking
    • Hoe kunnen we de URA3 merker gebruiken voor positieve en negatieve selectie?
    • Bespreek het principe van Gateway klonering.
  5. Vraag Paeshuyse (oefening in verwerkt): allerlei gegevens (cDNA, knipplaatsen e.d.)
    • Welke eukaryoot expressies systeem (geen schimmel of gist) zou jij gebruiken (voor dit humaan recombinant eiwit)? Beargumenteer.
    • Teken de vector enzo.. (?)

25 januari 2017 VM Edit

  1. Met welke factoren kun je de nauwkeurigheid van een PCR-reactie verbeteren en geef afgeleide technieken met een hogere nauwkeurigheid
  2. Bespreek de BAC clonering voor de aanmaak van banken.
  3. Wat zijn de voordelen van recombinante expressie in gist? Vector pPIC wordt veel gebruikt in de industrie. Bespreek pPIC.
  4. Kort omschrijven
    • DNA shuffleing
    • CAPture techniek werking
    • Principe van TOPO-gemedieerde klonering
  5. Oefening: Gegevens over enzymen, genoom van 1,6x10-4, enzym knipt in 1 à 2 kb fragmenten, foto van gel. Hoeveel recombinanten moet je hebben om met 99% zekerheid te zeggen dat je sequentie aanwezig is? Nog een vraag. (Rekenmachine nodig!)
  6. Vraag Paeshuyse: Creëer een humaan, recombinant faag lambda ding (?) Welk expressiesysteem zou je gebruiken? Teken de vector die je gebruikt. Nog iets..

20 januari 2016 Edit

Lavigne

  1. Bespreek grondig factoren die betrouwbaarheid van PCR verbeteren en PCR-afgeleide technieken die voor verhoogde betrouwbaarheid zorgen.
  2. Wat zijn de voor- en nadelen van recombinante eiwitexpressie in gist? Wat zijn de kenmerken van PIC vectoren?
  3. Cosmideklonering uitleggen voor het aanleggen van banken random DNA.
  4. CTAB techniek voor isolatie van plant-DNA uitleggen
  5. Taqman probe uitleggen
  6. Welke vectoren voor recombinatie in gist zijn er?
  7. Oefening over inverse PCR: sequentie gegeven, leg uit en kies/beschrijf primers.

Volckaert

  1. Hogere zoutconcentratie zorgt voor een hogere/lagere/identieke smelttemperatuur en waarom?
  2. Welke (4) factoren beïnvloeden renaturatiekinetiek?
  3. PNA en LNA linken aan hybridisatie en mismatch-herkenning.
  4. Structuur en functie van guanidinium thiocyanaat en guanidinium isothiocyanaat.
  5. Wat is het verschil in de oxidatie van de fosforgroep tussen de fosforamidiet en fosfonaat-manier van nucleotidesynthese, en welke gevolgen heeft dit?
  6. Onderdelen van molecule aanduiden en functie van het molecule (fluorescine gebonden via linker aan reactieve groep)

20 januari 2015 Edit

Lavigne

  1. Bespreek PCR-gebaseerde gerichte en random mutagenese
  2. Bespreek cosmide- en P1 vectoren
  3. Bespreek capillaire sanger sequencing
  4. Bespreek:
    • CAPture techniek
    • URA3 merker
  5. Juist of fout vragen (5)
  6. Sequentie met exons en introns gegeven. Ontwerp een techniek om de eerste twee exons aan elkaar te ligeren en in te bouwen in de gegeven vector (TOPO T/A vector), met een N-terminale STREP-tag (sequentie voor de STREP-tag was gegeven). Beschrijf en verantwoord elke stap.

Volckaert

  1. Structuur en functie van guadinium thiocyanaat.
  2. Gebruik van niet-radioactieve detectie voor het detecteren van DNA hybridisatie met een probe met behulp van fusieproteïne streptavidine en alkalische fosfatase.
  3. Chemische synthese van oligonucleotiden waarbij het 5' uiteinde automatisch gefosforyleerd is. Waarom is dit belangrijk?
  4. Verschil in Tm van DNA- en LNA-oligonucleotiden bespreken indien gebruikt als probe voor hybridisatie of mismatch.