Wikia


Vorm: schriftelijk met mondelinge toelichting

Mondeling: één open vraag + vier termen

Schriftelijk: twee andere open vragen

open vraag blanco / niet gestudeerd = 2 strafpunten !

Biosdocumenten Edit

29 januari 2018 VM Edit

  1. Bespreek de structuur en functie van de prokaryote sigma-factor(en).
  2. Hoe kan men experimenteel de transcriptie plaats van een gen achterhalen voor een gegeven promotor.
  3. Replicatie van lineair DNA (geen circulair) met DNA polymerase vormt een probleem voor de cel. Wat is dit probleem? Hoe lost de cel dit op?
  4. Riboschakelaar, cDNA replicatie, Kozak sequentie (sequentie gegeven), recBCD pathway

22 januari 2018 VM Edit

  1. Wat is de betekenis van histonen voor genregulatie?
  2. CAP/CRP
  3. Verband tussen immunoglobuline-eiwitten en transpositie
  4. Sanger sequencing - backtracking (enkel figuur gegeven) - mRNA cap -oriC

19 januari 2018 NM Edit

  1. Bespreek structuur en functie van het CTD bij Eukaryoten. (zeker vermelden dat het structuurloos is!)
  2. Lysogenie bespreken (mechanisme) en hoe je overgaat naar lytische cyclus.
  3. (a) Translatie initiatie en (b) controle van translatie bij Eukaryoten
  4. Epitoop tagging - figuur van groep 2 self-splicing RNA's gegeven - supressor tRNA - V(D)J recombinatie

18 januari 2018 NM Edit

  1. Met welke methode kun je op experimentele wijze de relatieve hoeveelheid van mRNA aantonen? 
  2. Wat is alternative splicing? Wat is de functie voor de cel? Geef een concreet voorbeeld.
  3. Geef het moleculair mechanisme van translatie elongatie bij prokaryoten.
  4. Begrippen: Lacoperon met 3operatoren, CAPsite en LacI repressor, Leu-zipper, peptidyltransfer en retrotransposon

18 januari 2018 VM Edit

1. maak een vergelijking tussen translatie initiatie bij pro en eukaryoten

2. technieken die proteïne-DNA interactie aantonen

3. bespreek de DNA bindingselementen bij transcriptie activators

4. antiterminatie, moleculaire mimicry, herschikking van immunoglobulinegenen en yeast 2 hybrid assay

15 januari 2018 NM Edit

1. maak een vergelijking tussen translatie initiatie bij pro en eukaryoten.

2. bespreek de transcriptie terminatie mechanismen bij pro en eukaryoten

3. leg uit hoe RuvC met de Holliday junction intrageert, maak een schets en leg uit

4. U2, afbeelding van zink vinger, stopcodonsuppressor, sanger sequencing

15 januari 2018 VM Edit

  1. Alternatieve splicing: mechanismen, functie in de cel, geef een concreet voorbeeld.
  2. geef de translatie-elongatie cyclus bij prokaryoten
  3. Welke transposons zijn er bij zoogdieren, bespreek bondig structuur en hun voorkomen bij de mens.
  4. DNA-footprinting, afbeedling Zincfinger, Polysomen, Holiday-junctie (bijvraag: wat heeft dit met vakantie (holiday) te maken?)

28 augustus 2017 VM Edit

  1. Structuur, biosynthese en functie van cap bij mRNA van eukaroyten. Hoe zit het bij 5'-uiteinde van prokaroyten?
  2. Welke methode(n) worden gebruikt voor het bepalen van de relatieve hoeveelheid van specifiek mRNA? Leg de werkwijzen uit.
  3. Wat is homologe recombinatie? Welke moleculaire processen vinden plaats en welke eiwitten zijn betrokken?
  4. Begrippen: Leu-zipper, nucleosoom, startcodon met kozak sequentie, dubbelstrengbreuk

21/08/2017 NM Edit

1) Bespreek splicing

2) Bespreek transcriptie-initiatie bij Eukaryoten

3) Bespreek translatie-elongatie bij Prokaryoten

4) Figuur transcriptie-initiatie, mRNA-cap, Teleomerase, Retrotransposon

30/01/2017 VM Edit

1) Alternatieve splicing: mechanismen, functie in de cel, geef een concreet voorbeeld.

2) Genetische code: kan niet gewijzigd worden maar toch sporen evolutie, leg uit.

3) Ac Ds systeem bij maïs, leg uit. Waarom is dit zo'n belangrijke ontdekking?

Woordjes: DNA-footprinting, foto zinkfinger (bijvraag: wat doet een TA), polysoom, resolvase

20/01/2017 NM Edit

1) Transcriptie-terminatie bij pro- en eukaryoten.

2) Structuur, synthese en functie mRNA-cap.

3) Translatie-initiatie eukaryoten en controlemechanismen onder stress of bevorderende groeiomstandigheden.

Woordjes: enhancer, 2-yeast hybrid assay, vdj-recombinatie en foto van mimicry

19/01/2017 NM Edit

1) Geef het mechanisme van het ara-operon tot op zijn moleculaire niveau. (mondeling) (5p)

2) Wat zijn histonen? Wat doen zij bij de genregulatie? Leg uit. (5p)

3) Immunoglobuline genen werden gezien bij transpositie. Wat is dit en waarom kwam dit in dit hoofdstuk aanbod? (5p)

4) Begrippen (mondeling): (5p)

- Sanger sequentie

- Fotoke van zinkvingers

- Polysomen

- DNA klem lader

16/01/2017 NM Edit

1) Leg het scanning model van eukaryoten translatie initiatie uit.

2) Geef methode(n) om de interactie tussen DNA en proteinen te meten

3) Rec A, waarvoor dient het en leg ook uit hoe men dit ontdekt heeft adhv een tekening

4) Sanger sequencing, zink-vinger, U2(SNRP), stopcodonsupressie

16/01/2017 Edit

1) Replicatie met lineair DNA geeft een probleem, welk? En wat is de oplossing? (mondeling)

2) Bespreek overzichtelijk transcriptie bij eukaryoten.

3) Bespreek RNA-splicing.

4) enhancer, cDNA-kloning, moleculaire mimicry, herschikking immunoglobulinegenen

22 augustus 2016 VM Edit

1) geef structuur en functies C-terminaal domein van eukaryoot RNA polymerase

2) geef de moleculaire mechanismen om eukaryote translatie te starten vanaf matuur mRNA + hoe kan de initiatie gereguleerd worden over de gehele cel bv cel in hongersnood (zoiets ongeveer)

3) replicatie met lineair DNA geeft een probleem, welk? En wat is de oplossing?

4) -figuur van 3 operators lac operon gegeven

- cDNA-kloning

- lariat

- VDJ recombinatie

16 Augustus 2016 (Namiddag) Edit

1) (mondeling) Bespreek trp-operon + wat is attenuatie

2) (schrifelijk) (Gegeven: tabel van codons) Genetische code kan niet gewijzigd worden, toch zijn er sporen van evolutie. Bespreek dit adhv de figuur.

3) (schriftelijk) Wat is homologe recombinatie en welke proteïnen zijn ervoor nodig. (=RecBCD)

4) begrippen (mondeling):

- Sanger sequencing

- zink-vinger model

- HAT

- DNA-mismatch-repair

29 januari 2016 (voormiddag) Edit

1) Hoe komt lysogenie van faag lambda tot stand en wordt het behouden? Hoe wordt lysogenie verbroken? (mondeling)

2) Vergelijk transcriptie-terminatie tussen pro- en eukaryoten.

3) Wat hebben retrovirussen gemeenschappelijk met transposons (er werd alleen de retrotransposons bedoeld)?

4) begrippen (mondeling):

- tekening van een riboswitch

- wobble

- yeast two hybrid assay

-

25 januari 2016 (voormiddag) Edit

1) regulatie trp operon + attenuatie

2) Bespreek structuur chromatine en hoe dit invloed heeft op de genexpressie.

3) Translatie bij eukaryoten + hoe wordt translatie-initiatie gereguleerd?

4) Figuur van footprinting, mRNA-cap, BER, retrotransposon

18 januari 2016 voormiddag Edit

1) Bespreek de structuur, biosynthese en functie van de eukaryote mRNA cap, en vergelijk met de prokaryoten.

2) Bespreek de overeenkomsten en verschillen tussen prokaryoot en eukaryoot RNA-polymerase.

3) Wat is homologe recombinatie? Wat zijn de moleculaire mechanismen en wat zijn hierbij de belangrijkste eiwitten?

4)

- Sanger sequencing

- Figuur Riboswitch

- Nucleosoom

- DNA-mismatch repair

15 januari 2016 namiddag Edit

1) trombone model DNA replicatie

2) lysogene cyclus en hoe stopt deze

3) cap mRNA bij eukaryoten: structuur, functie, biosynthese en vgl met 5' mRNA prokaryoten

4)

- figuur van cooperatieve operators op Lac operon, ook zeggen dat dimeer repressor op operator bindt en dus 2e dimeer op O3 of O2 kan binden

- retrotransposons

- Leu-zipper

- peptidyltransfer

14 januari 2016 voormiddag Edit

1) Geef methode(n) om de interactie tussen DNA en proteinen te meten (mondeling)

2) Replicatie met lineair DNA geeft een probleem, wat is dit probleem en hoe kan het opgelost worden.

3) Bespreek lysgenie bij bacteriofaag lambda, hoe onstaat het, hoe wordt het onderhouden en hoe kan het beëindigd worden.

4) begrippen: Enhancer - cDNA kloning - mRNA cap - een figuur van een hairpin van mRNA (heat shock) (mondeling)

13 januari 2016 (voormiddag) Edit

Mondeling te verdedigen

1) Bespreek transcriptie terminatie bij Prokaryoten.

2) S1 mapping - eIFalpha2 - Figuur van R-looping - Holiday Junction

Schriftelijk

3) Bespreek structuur en functie(s) van CTD van polymerase II.

4) Bespreek translatie-terminatie en herneming van translatie voor de Eukaryoten.

11 jan 2016 NM Edit

opm: enkel eerste vraag en woordjes worden mondeling besproken, andere 2 hoofdvragen vragen dus schriftelijk

1) bespreek sigma factoren, diversiteit, werking, functie

2) bespreek splicing (factoren, reacties, pliceosoom,...)

3) geef de translatie-elongatie cyclus bij prokaryoten

4) woordjes:

  • sanger sequencing
  • figuur van D/T loop (bij telomeren, laatste slide)
  • alpha amanitine
  • kozak sequentie

11 jan 2016 Edit

1) welke structuren zorgen ervoor dat transcriptieactivators kunnen binden aan DNA

2) geef de translatie-elongatie cyclus bij prokaryoten

3) leg het mechanisme van V(D)J recombinatie uit, welk biologisch belang heeft dit?

4) antisigmafactor, epitope tagging, foto van een group II intron, genconversie

29 jan 2015 Edit

1) ara operon + effect van glucose

2) vergelijk transcriptieterminatie tussen prokaryoten en eukaryoten

3) wat zijn non LTR transposons en wat hebben ze als effect op de gastheer?

4) woordjes: foto riboswitch (FMN/terminator), nucleaire receptor, moleculaire mimicry en twohybrid assay

26 jan 2015 Edit

1) bespreek de structuur, biosynthese en functie van de eukaryote mRNA cap, en vergelijk met de prokaryoten.

2) Bespreek de structuur en functie van CAP/CRP

3) De replicatie van lineair DNA brengt een probleem met zich mee, wat en hoe lost de cel dit op?

4) woordjes: een foto van een lacoperon en uitleggen, enhanceosoom, peptidyltransfer en V(D)J recombinatie

19 jan 2015 Edit

Van de biochemici

- Structuur van chromatine en de effecten op genexpressie

- Geef de moleculaire basis voor translatie-initiatie bij eukaryoten en bespreek hoe deze initiatie globaal kan gereguleerd worden

- Geef de methode(n) waarmee men kan zien of een proteïne aan DNA bindt (5 methoden blijkbaar)

- Prentje van lysogene instelling van faag lambda, L1-transposon, telomerase, mRNA-cap

16 januari 2015 Edit

-bespreek trp operon en de attenuatie hierbij

-histonen en invloed op transcriptie

-VDJ recombinatie mechanisme en biologisch nut

-woordjes: polysoom, tekening van zinc finger, clamp loader

15 januari 2015: namiddag Edit

1. Geef de structuur + functie van de prokaryote sigmafactor(en).

2. Bespreek RNA splicing (herkenning, enzymatische reacties, proces, factoren, ...)

3. Bespreek hoe eukaryoten translatie termineren en terug hervatten.

Woordjes: DNA footprinting, TFIID, Ribosoom scanning, figuur van T- en D-loop bij telomeren

14 Januari 2015: voormiddag Edit

1) Bespreek de overeenkomsten en verschillen tussen prokaryoot en eukaryoot RNA-polymerase

2) Leg uit alternatieve splicing. Wat is de functie ervan in de cel, wat zijn de mechanismen en kan je een concreet voorbeeld geven?

3) Bespreek genconversie aan de hand van een figuur. En hoe algemeen komt het voor?

4) abortieve transcriptie, cDNA kloning, aminoacyl-tRNA-synthetase & afbeelding van trombone model 

12 Januari 2015: namiddag Edit

1) Bespreek de technieken om eiwit-DNA binding te onderzoeken

2) Bespreek RNA-splicing

3) Bespreek RecBCD pathway, in welke mate zien we dit ook bij eukaryoten

4) Sanger sequencing, figuur van Zn vinger, histonmodificatie en eIF4E

12 Januari 2015: voormiddag Edit

1) vergelijk de transcriptie initiatie bij pro en eukaryoten

2) bespreek de translatie-elongatie bij prokaryoten

3) leg uit: de wijze(n) waarop bacteriele transposons werken

4) genconversie, epitooptagging, antisigmafactor, en fototje groep II intron (hij hoort ook graag wat dat wil zeggen, namelijk dat er eerst een RNA world was...)

25 Augustus 2014: voormiddag Edit

1) Bespreek trp operon en wat is attenuatie

2) Translatie elongatie bij prokaryoten

3) leg uit wat genconversie is (Volckeart)

4) Woordjes: Telomerase, tekening van intronslipcing, footprinting, rolling circle mechanisme,

29 januari 2014: voormiddagEdit

1)bespreek de controle van het trp operon

2)vergelijk transcriptie terminatie bij prokaryoten en eukaryoten

3)geef het trombonereplicatie mechanisme,  de verschillende onderdelen en functies bespreken.

woordjes: antisigmafactor, backtracking (tekening), release factor, niet-autonome retrotransposon

-     </p> </p>

27 januari 2014: voormiddagEdit

1. Bespreek verschillende technieken die interactie tussen dna en proteinen bestudeerT. ( da van footprinting, dnase sensitiviteit test zo me histonen, S1 mapping enzo voort...)

2. Leg uit hoe histonen genexpressie kunnen reguleren.

3. Leg translatie initiatie bij eukaryoten uit en welke mechanismen een regulerende werking hebben. (eIF2 fosforylatie en da van mtor en da met ijzer en ferritine.

4. 4woordjes: BER uitleggen, Antitermination, hypothese-ticketing (Iets te maken met het polyA staart), VDJ mechanisme (uit volckaert zijn deel)

17 januari 2014: namiddagEdit

  1. Bespreek de verschillende mechanismen van transcriptie terminatie bij prokaryoten
  2. Leg het moleculair mechanisme van intronsplicing uit (hij is hier niet echt geïntereseerd in de splicosoom vorming maar eerder in wat er met de branchpoint gebeurt etc. 
  3. Bespreek translatie elongatiecyclus bij prokaryoten
  4. woordjes: S1 mapping, enhancer, aaRS, genconversie ( woordje van mr. Volckaerts deel)

16 januari 2014: namiddagEdit

1. Geef de structuur + functie van catabolisch activerend proteïne (CAP , CRP)

2. Geef de effecten van histonen en hun modificaties op genexpressie

3. Leg uit waarom replicatie van lineair DNA een probleem met zich mee brengt. Welke oplossingen voorziet de cel?

4. woordjes: nucleaire receptor, polyadenylatiesignaal, stopcodonsuppressie en bacterieel transposon (woordje van mr. Volckaerts deel)

15 januari 2014: voormiddagEdit

1. Structuur en functie van sigmafactor(en) bij RNAP van prokaryoten

2. Structuur en functies van CTD bij eukaryoten

3. Genetische code is onveranderlijk, maar evolutie laat wel sporen na. Verklaar.

4. Woordjes: epitooptagging, type II introns, Kozak-sequentie, Holliday-junctie (woordje van mr. Volckaerts deel)

13 januari 2014Edit

1. Bespreek de transcriptie bij prokaryoten

2. Bespreek RNA-splicing

3. Wat is homologe recombinatie? Wat zijn de moleculaire mechanismen en wat zijn hierbij de belangrijkste eiwitten? (van mr. Volckaerts deel)

4. woordjes: A-DNA, Southern blotting, HAT, eIF4E

30 januari 2013Edit

1.regulatiemechanisme van trp operon

2.translatie elongatie bij prokaryoten

3.woordjes: algemene transcriptiefactoren, Wobble basenparing, epitoop tagging, figuur spliceosoom.

18 januari 2013 Edit

1. Transcriptie bij eukaryoten

2. Mechanismen die de algemene eiwitexpressie bij eukaryoten regelen

3. Woordjes: zinc fingers, lariaat, nucleosoom, ...

17 januari 2013Edit

1. Vergelijk eukaryote promoters met prokaryote promoters

2. Afbeelding van vorming van het spliceosoom bespreken en geef minstens 2 stappen moleculair weer (splicing stappen Bdus)

3. Woordjes: eIF4E, RACE, ribosoombindingsplaats, moleculaire mimicry

16 januari 2013Edit

1. bespreek de moleculaire mechanismen van transcriptie initiatie bij prokaryoten

2. tabel v codons: De genetische code kan niet gewijzigd worden, toch zijn er sporen van evolutie. Bespreek deze stelling adhv de figuur.

3. woordjes: cDNA-kloning, EF-G, Attenuatie, riboswitch

30 januari 2012Edit

1. gegeven: figuur lamda faag in E.coli (DNA streng met RNAP en transcriptieproducten) bespreek de figuur

2. Leg Translatie elongatie uit bij Prokaryoten

3. Woordjes: DNA footprinting, attenuatie, 4E bindend proteïne, en nog eentje

18 januari 2012 (namiddag)Edit

1) Mechanisme van intron-splicing uitleggen

2) Bespreek tabel ( alle codons en hun bijhorende aminozuren)

Ik zou hier duidelijk vermelden wa de evolutionaire voordelen zijn dat was zijn bijvraag voor mij.

3) - RT-PCR

- Tekening van riboswitch van antiterminator naar terminator bespreken

- Nucleosoom

- Catabolietrepressie

18 januari 2012Edit

1 beschrijf de verschillende fasen van transcriptie bij prokaryoten

2 vergelijk translatie initiatie bij pro en eukaryoten

3 leucine zipper

polyadenylatiesignaal

r-looping

nonsense suppresie

16 januari 2012Edit

1 bespreek de structuur en de functie van het c terminaal domein bij eukaryote polymerase II
2 bespreek DNA-sequencing volgens Sanger
3 beschrijf binnen de gegeven plaats (ongeveer 4 regels):
Zinkvinger
ribozyme
mRNAcap
een afbeelding van EF-Tu-GTP-t-RNA-aminozuur en van EF-G-GTP

24 januari 2011Edit

1) bespreek de gelijkenissen/verschillen tussen eukaryote en prokaryote promoters.

2) een figuur van het spliceosoom, leg uit.

3) - ribosoombindingsplaats

- RACE

- bèta-klem (uit de 2 laatste hoofdstukken, dus niet voor biologie-studenten)

- moleculaire mimicrie

22 augustus 2011Edit

1) Bespreek bacteriële en eukaryote transcriptie terminatie

2) Geef en bespreek praktisch twee technieken die de interactie tussen DNA en eiwitten kunnen nagaan (gel mobiliy assay is er een van)

In hoofdstuk 5.8 (p 108) staan er een paar mooi opgesomd! 

3) - Histondeacetylatie


- Tekening van deel spliceosomecycle met lariat


- attenuatie


- TFIIH

17 januari 2011 namiddag:Edit

1) Wat is het effect van lactose en glucose op het lac operon

2) Hoe wordt met behulp van DNase hypersensitiviteit genactiviteit opgespoord? Verklaar en hoe wordt dit in de praktijk gedaan?

Verklaar de volgende woordjes:

-Lariat

-eIF2alfa

-wobble baseparing

-en een tekeningske van mimicri


Examenvragen 2010 :Edit

1) Bespreek de verschillende mechanismen van transcriptie-terminatie bij prokaryoten?

2) Bespreek de translatie-elongatie

3) Beschrijf: afbeelding 14.3 (b) in boek, Northern blotting, Zinc finger, Kozac sequentie

19 janurai 2011 voormiddag:Edit

1) Wat bepaalt of een lambda faag de lytische of lysogene celcyclus volgt, geef schematisch weer

2) Hoe kan je na gaan of een opgezuiverd eiwitproduct helicase-activiteit heeft?

Verklaar de volgende woorden:

1) 30 nm DNA vezel

2) eukaryote transcriptieinitiatiefactoren

3) peptidyltransfer

4) tekening van de lac operator subeenheden