Wikia


23/01/2015 namiddag

Geuten

1) vergelijk LRT, bootstrap,bayesian support. Hoe worden ze berekend

2)Hoe wordt de maximum likelihood van een boom bepaald?

3)leg uit: orthology-paralogy problem

4)Geef een voorbeeld hoe ancestral sequence gebruikt kan worden

Huyse

1) Wat is het verschil tussen de oude en nieuwe methode om de evolutie van mensen te bepalen

2)geef mechanismen van speciatie bij parasieten + tekenen

3)welke theorien over evolutie op moleculair niveau zijn er?

4)Molecular epidemiology

5)nog 2 termen

Raeymaekers (Volckaert)

1) vraag over paper

2)wattersum estimator

3)peripatrische speciatie

4)coalescence formules geven

5)wat is het verschil tussen vicariante speciatie en ecologische speciatie

6)?

24/01/2014 namiddag

Prof. Geuten

1) leg uit: Blast.

2) Hoe wordt likelihood berekend? Waarop kan het toegepast worden?

3) Vergelijk LRT, bootstrap en posterior probability.

4) Hoe kan je testen voor positieve selectie? 

Prof. Volckaert

1) Leg uit: allopatrische, parapatrische, sympatrische en peripatrische speciatie. Geef voor elke een voorbeeld en leg kort uit.

2) Eén van de artikels van the journal club bespreken. (Je mag natuurlijk niet zelf kiezen)

3) 3 termen verklaren:

- postzygotic isolation barrier 

- L = Σ P(D|G,µ) P(G, α)

- mismatch distribution 

Prof. Huyse

1) Wat bepaalt het lot van een mutatie? Welke processen spelen hierbij een rol?

2) Is cospeciatie een allopatrische of een sympatrische specatie? Wat is het belang van het bepalen van cospeciatie? 

3) Wat is het verschil tussen interspecies en intraspecies sequence data? 

4) 2 termen verklaren

- metabolic mutation rate 

- nearly neutral theory 

- Time since divergence bereken met als gegeven d en r.